Franchising sisteminin franchisee açısından dezavantajları:

• Franchisor'ın koyduğu kurallara ve kısıtlamalara uyma zorunluluğu ortaya çıkmaktadır.

• Marka seçerken yeterli araştırma yapılmadığında ve hatalı marka seçimi yapıldığında kurumsal uygulamalar veya diğer şubeler size de zarar verebilir.

• Bir giriş bedeli olması maliyetlerinizi arttırmaktadır.

• Belirli oranda aidat ödeme zorunluluğu bulunmaktadır.

• Anlaşma gereğince franchisor'dan alınması zorunlu bazı ürünlerin piyasadan daha ucuza alınması mümkün olabilmektedir.